Wolfgang Kraus wurde am 30. Januar 1965 in Regensburg als Sohn des Domorganisten Eberhard Kraus geboren. Die erste musikalische Ausbildung erfolgte im Elternhaus. Er besuchte das Musikgymnasium der Regensburger Domspatzen und wirkte im Konzertchor unter der Leitung von Domkapellmeister Georg Ratzinger mit. Nach dem Abitur 1984 studierte er Kirchenmusik mit Hauptfach Orgel bei seinem Vater Eberhard Kraus an der Fachakademie für katholische Kirchenmusik und Musikerziehung in Regensburg. Dieses Studium schloss er 1989 mit der staatlichen Reifeprüfung in katholischer Kirchenmusik (B-Prüfung) ab. Bereits während des Studiums vertrat er regelmäßig seinen Vater als Organist im Regensburger Dom. Er vertiefte seine musikalische Ausbildung durch das Aufbaustudium künstlerisches Orgelspiel an der Musikhochschule Stuttgart bei Professor Werner Jacob und Christoph Bossert. 1992 beendete er dieses Studium mit der künstlerischen Abschlussprüfung (KA-Orgel). Wolfgang Kraus nahm auch an Meisterkursen mit Piet Kee, Hans Gebhard, Marie-Claire Alain, Daniel Roth und Olivier Latry teil und erhielt 1992 ein Stipendium der Richard-Wagner-Stipendienstiftung. Zusätzlich studierte er Musikwissenschaft, Kunstgeschichte und Romanistik an der Universität Regensburg.
Seit 1994 ist er Kirchenmusiker an der Pfarrei Mariä Himmelfahrt in Furth im Wald, wo er auch seit 1997 die Aufgabe des Regionalkantors für die Region Cham innehat. Er leitet dort den Kirchenchor Mariä Himmelfahrt, das Orchester Camerata Mariä Himmelfahrt und gründete 2000 das Vokalensemble „Cantamus“ sowie 2009 das Vokalistenensemble Quattrocolori. Nach dem Tod seines Vaters übernahm er im Jahr 2003 die Leitung des Chors und des Orchesters des Collegium musicum Regensburg, das seit 1935 Chor- und Oratorienkonzerte veranstaltet. Seit 2014 leitet er auch den Schwandorfer Oratorienchor.
Konzerte spielt er seit 1983 und trat dabei unter anderem in Regensburg, Landshut, München, Bamberg (Dom), Passau (Dom), Würzburg, Lindau, Münster, Trier, Bochum, Dortmund, Berlin, London, Salzburg, Sankt Gilgen, Kefermarkt, Breslau/Wrocław (Dom), Oppeln/Opole (Philharmonie und Annaberg) sowie in Paris (S. Germain des Prés, S. Etienne du Mont, S. Roch, Cathedrale Americaine), Pau, Toulon, in den Domen von Györ (Ungarn) und Oradea (Rumänien) und in Daegu (Südkorea) auf. 2014 wirkte er bei einem Konzert im Vatikan vor dem emeritierten Papst Benedikt XVI. und seinem Bruder Georg Ratzinger mit.
Er ist 1. Vorsitzender des Stiftungsrates der Stiftung Eberhard Kraus zur Förderung junger Organisten. Sein Rat in Orgelfragen wird nicht nur regional geschätzt. Wolfgang Kraus hat mehrere CDs veröffentlicht mit Aufnahmen als Organist, Klavierbegleiter und Chorleiter. Zusätzlich ist er als Musikpädagoge unter anderem an der Konrad-Max-Kunz-Akademie in Schwandorf tätig, erstellt wissenschaftliche Werkeinführungen in seinen Konzertprogrammen und ist als Herausgeber einer eigenen Editionsreihe tätig.