Das Collegium musicum Regensburg besteht seit 1935. In diesem Jahr wurde von Dr. Ernst Schwarzmaier ein Kammerorchester mit diesem Namen gegründet. Nach einigen reinen Orchesterkonzerten führte das Orchester 1937 gemeinsam mit verschiedenen Chören die Passionskantate „Der Tod Jesu“ von Carl Heinrich Graun auf. 1950 gründete Schwarzmaier einen eigenen Chor des Collegium musicum, nachdem er zunächst die Orchestervereinigung wiederbelebt hatte.  

Zum 1. Januar 1975 übernahm der Regensburger Domorganist Eberhard Kraus die Leitung des Collegium musicum und führte feste Abonnementreihen für die Konzerte ein. Seit dieser Zeit nimmt der Chor neben bekannten Werken der Oratorienliteratur immer wieder unbekannte, aber nicht weniger interessante Werke in seine Programmgestaltung auf. Viele, heute zum Repertoire Regensburger Chöre gehörende Werke, führte das Collegium musicum zum ersten Mal in Regensburg auf. Als Beispiele seien „Dido und Aeneas“ von Henry Purcell 1976, der Psalm 13 von Franz Liszt 1981 oder das Oratorium „Der Stern von Betlehem“ von Josef Rheinberger genannt. Ein weiterer Schwerpunkt in der Werkauswahl des Collegium musicum unter der Leitung von Eberhard Kraus lag auch in der Aufführung von Musik ostbayerischer Komponisten wie Georg Reichwein, Joseph Renner und Marianus Königsperger und in zeitgenössischer Musik, die auch in einer Stadt wie Regensburg vernachlässigt wird. 

Nach dem Tod von Eberhard Kraus am 23. Oktober 2003 übernahm sein Sohn Wolfgang Kraus den Chor des Collegium musicum und führt die lange Tradition der Konzertreihen fort.
Im Jahr 2005 wurde der Verein Collegium musicum Regensburg e.V. gegründet, so dass nun auch fördernde Mitglieder die kulturelle Arbeit finanziell unterstützen können.

Der Chor hat eine Mitgliedschaft im VDKC.